Zowel bij de registratie van nieuwe als bij de registratie van gebruikte auto’s in Nederland moet BPM worden betaald. De berekening van de verschuldigde BPM voor een gebruikte auto is al meerdere malen bron van discussie en inzet van procedures geweest. Omdat de auto niet meer in nieuwstaat is hoeft minder belasting te worden betaald dan voor een nieuwe auto. De vraag is hoeveel minder belasting in een bepaald geval mag worden betaald. De wet en de uitvoeringsregeling BPM geven daar richtlijnen voor. Als een gevolg van jurisprudentie van de Hoge Raad en het Hof van Justitie EU geldt per 1 januari 2010 een andere wijze van berekenen. Volgens vaste jurisprudentie van het Hof van Justitie EU is een stelsel van belastingheffing waarbij niet wordt uitgesloten dat een ingevoerde gebruikte auto aan een hogere belasting kan zijn onderworpen dan de belasting die rust op een referentieauto in strijd met de Europese regelgeving. De referentieauto is een vergelijkbare auto die nieuw in Nederland is geregistreerd.

Sinds 1 januari 2010 geldt de inkoopwaarde in nieuwstaat voor een handelaar op het tijdstip van eerste ingebruikneming als uitgangspunt. De inkoopwaarde bedraagt volgens de nieuwe regeling de catalogusprijs van de auto plus BPM, verminderd met een bedrag van € 500 en vervolgens vermenigvuldigd met 0,88. Die korting is de marge die de handelaar wordt verondersteld te realiseren bij verkoop. Volgens de Hoge Raad volgt uit eerdere arresten niet dat de inkoopprijs van de handelaar als uitgangspunt moet worden genomen. Voor de berekening van de waardedaling moet worden uitgegaan van de aankoopprijs van de referentieauto in nieuwstaat inclusief BPM en van de verkoopprijs in dezelfde gebruikte staat als de auto waarvoor het BPM bedrag moet worden bepaald. Verondersteld wordt dat het bedrag aan BPM na de registratie evenredig daalt met de waarde in het economische verkeer van de referentieauto. Volgens de Hoge Raad moet de BPM bij invoer van een gebruikte auto gelijk zijn aan het bedrag aan BPM dat is begrepen in aankoopprijs van de referentieauto voor een onafhankelijke derde.

Omdat niet is uitgesloten dat bij de invoer van een gebruikte auto teveel belasting moet worden betaald, is volgens de Hoge Raad ook de nieuwe wettelijke wijze van berekening in strijd met de Europese regelgeving.