Het tonnageregime is een bijzondere wijze om de winst uit zeescheepvaart te bepalen. De winst wordt dan niet volgens de normale regels bepaald maar aan de hand van de tonnage van het schip of de schepen waarmee de winst wordt behaald. Het tonnageregime wordt op verzoek toegepast. Een verzoek om toepassing van het tonnageregime moet worden gedaan in het eerste jaar waarin een ondernemer winst uit zeescheepvaart geniet of in het tiende jaar of een veelvoud daarvan nadien.

Een procedure voor de rechtbank had betrekking op de vraag of het verzoek om toepassing van het tonnageregime tijdig was gedaan. De rechtbank onderzocht in welk jaar de ondernemer winst uit zeescheepvaart was gaan genieten. Volgens de rechtbank is dat in beginsel het moment waarop één of meer schepen daadwerkelijk worden geëxploiteerd in het kader van één van de in de Wet IB 2001 vermelde bestemmingen.
De rechtbank sluit niet uit dat er voorafgaand aan het in de vaart nemen van een schip kosten worden gemaakt die zozeer samenhangen met de exploitatie van dat schip dat ze daaraan moeten worden toegerekend. In een dergelijk geval begint volgens de rechtbank de daadwerkelijke exploitatie nog voor het betreffende schip in de vaart is genomen. In dit geval deed zich dat niet voor. Het verzoek was gedaan in 2010. In dat jaar was het eerste schip van de onderneming in de vaart genomen.
De Belastingdienst meende dat het verzoek te laat was gedaan omdat de onderneming in 2009 willekeurig had afgeschreven op de investering in zeeschepen. Volgens de rechtbank hield die afschrijving geen verband met daadwerkelijke technische of economische slijtage.

Vervolgens moest de rechtbank de vraag beantwoorden vanaf welk moment het tonnageregime van toepassing was. De ondernemer meende dat het regime niet eerder van toepassing kon zijn dan de datum waarop het eerste schip in de vaart is genomen. Volgens de Belastingdienst gaat het tonnageregime in met ingang van het jaar waarin het verzoek is gedaan. De rechtbank sloot zich aan bij de visie van de Belastingdienst. De letterlijke tekst van de wetsbepaling gelezen in samenhang met de parlementaire toelichting op het huidige wetsartikel en op de voorloper daarvan onder de Wet IB 1964 laten volgens de rechtbank geen ander oordeel toe dan dat het tonnageregime wordt toegepast met ingang van het desbetreffende jaar. Dat betekent dat de periode waarin winst uit zeescheepvaart wordt genoten niet hoeft samen te vallen met de periode waarover het tonnageregime dient te worden toegepast.